基本的な考えは、自サイト内のページは同一ブラウザで表示し、他サイトへのリンクは別窓で表示します。
この理由は主に2つ挙げられます。

１．自サイト内で別窓を開いてしまうとブラウザのヒストリーバックが効かず、非常にユーザビリティ上悪いサイトになってしまう。
２．他サイトを自サイトで表示していたブラウザで表示してしまうと、あたかも他サイトのコンテンツが自サイトのもののように映ってしまう。つまりは、自サイトと他サイトの区別がつかないということです。

もちろん、これには例外はあります。
一コンテンツを独立で扱いたい場合。
例えば、当サイトでは、テンプレートがそれに当たります。

ユーザが意図的に同サイト内を別窓で表示する場合はよいのですが、作成者が意図的に別窓表示する場合は、リンク先は別窓で開かれることを明記するべきでしょう。

当サイトでも結構徹底できていないので、気をつけなければなりません・・・。